私のiPhoneで結構頻繁に起こる事なのですが、PCのiTunesに表示されるiPhoneの空き容量と、iPhoneの設定に表示される空き容量が1GB以上違う事があります。
ほとんどの場合で、「iTunes上では6GBと表示されてる時にiPhone上では4.5GBと表示されてる」のように、iPhoneの設定画面での容量表示の方がiTunes上より少ないです。
なんだかこれは気持ち悪いですし、実際に映画などの大きなデータを入れる際に空き容量があるはずなのに「空き容量が足りません」なんて出る時もあります。
というわけで、この謎の空き容量の差異を無くす方法を書いていきます。
バックアップして、復元する
一番効果的なのがこれです。
まず、iPhoneとiTunesで空き容量に差異がある状態で構わないので、今すぐiTunesにiPhoneのデータを全部バックアップします。（空き容量表示がおかしい状態のiPhoneのバックアップを取るという事です。）
PCとiPhoneをUSBで接続して、現在のiPhoneのバックアップを取ります。
次にバックアップが取れたら、今度は今バックアップしたデータを復元します。
「バックアップを復元」を選んで、今セーブしたバックアップを使って復元します。
これをやる事で大抵の場合、iPhone内の謎のデータが消えて空き容量が増え、ちゃんとiTunesとiPhoneの空き容量表示がほぼ同じになります。
空き容量表示がおかしいiPhoneのバックアップなのに、それを復元すると元通りになるんです。きっとiPhone上に残ってる謎の残骸はiTunesにはバックアップされないって事なんでしょう。
＜追記＞Kindleなどの電子書籍を入れ直す
復元しても、表示に開きがある場合は、Kindleや楽天Koboなどの電子書籍アプリを一度削除した方が良いです。というのも、iPhoneを復元すると、これらのアプリに入っていた電子書籍はエラーで読めなくなります。なので、一度端末上の本を削除して、もう一度クラウド上からダウンロードし直す必要があります。というか、アプリ自体を一度消しちゃった方が早いです。
そしてもう一度iTunesと同期し直すと、差異が無くなっているはずです。（本は端末から消えるだけで、クラウド上には残ってるので、端末に再ダウンロードできます。）
映画のストリーミングやダウンロードが原因の時もある
私がこの謎の空き容量の差異や空き容量不足になる時の多くは、iPhoneのVideosアプリ内で、映画などをストリーミングしたり、ダウンロードした後に起こる事が多いです。
つまりストリーミングした映画などのデータがまだ残ってたり、消したはずの映画のデータがまだiPhone内に残ってたりという事が結構あるようです。
詳しくはこちらの記事でそのデータの消し方などを書いてます。
ただ、これをやってもうまくいかない場合は、やはりデータのバックアップ＆復元が一番かなと感じてます。